以「部落（部落教室）」、「分校（採數個部落的折衷位置）」或「部落大學校本部」為這個重點的主軸，其中因應部落或實際的需求，以及課程內容而選擇在不同的場所提供教育機會。三種教育空間並不是層級上的劃分，而是功能上的區別。

「部落大學校本部」是以行政支援、對外聯絡及舉辦大型原住民議題演講或公共論壇為主要工作方向。而「分校」則是以「部落（部落教室）」無法開設的課程，如電腦課，或是幾個部落間的共有課程，而且上課的時間會以1週3-4門的課為主。「分校」的設置原則上採義工協助的原則，必要時僅以兼職行政人員輔佐。「部落（部落教室）」在整個階層中是最能反應部落需求，且由部落居民自行規劃課程的地方，依照每個部落的不同需要，由部落居民提出課程的需要，再由「部落大學校本部」遴選合宜的師資。

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校區轄分三區：計有南澳校區東澳、南澳、碧候、金岳、武塔、金洋及澳花等七村十個部落教室；大同教室崙埤、松羅、玉蘭、英士、四季、南山、寒溪、樂水等八村十個部教室；都會校區計有羅東、宜蘭及 利澤簡五個教室。